Voy a ver si puedo dar dos pinceladas sobre lo que preguntas
1-El grado de exigencia física del Aikido es comparable al judo o jj
El grado de exigencia físico depende fuertemente del profesor. Yo mismo he estado en clases de Aikido de dos horas en las que ni siquiera he roto a sudar, y otras, como las que practico con asiduidad, en las que echo los hígados. Un clase de Aikido intensa es muy intensa

...y muy exigente en lo físico.
2-se entrena con "las armas" desde el primer día.
Sí. En Aikido es habitual que, tanto veteranos como pricipiantes, sigan la misma rutina. Si un dojo dedica parte de las clases al estudio de armas, las estudiarás desde el primer día. Y lo mismo para las técnicas. Todos hareis lo mismo.
3-Qué diferencia hay entre Aikido fmj y Aikido Aikikai en cuanto a contundencia, exigencia...
Más que entre FMJ y Aikikai, las diferencias se encuentran entre Maestros. Y suelen ser diferencias notables, por lo que es recomendable visitar varios dojos para ver que es lo que mejor se adapta a lo que buscas.
4-Cual es la organización tipo de una clase, por ejemplo en judo suele ser" calentamiento + o - intenso, caídas, estudio técnico y randori", pero n el aikido cómo es?
En este aspecto tambien hay diferencias sensibles en función del profesor. Normalmente se empieza con un calentamiento, caidas y seguidamente el profesor presenta una técnica, que despues los alumnos estudian. Durante la clase se van estudiando diversas técnicas, no escogidas al azar sino siguiendo una pauta "constructiva" por así decirlo. Es habitual que durante toda la clase se estudien distintas técnicas ante un mismo tipo de ataque. Cuando algún compañero se ha perdido una clase, si pregunta qué hemos hecho el día anterior, le contestamos con el nombre del ataque ("hemos hecho Yokomen..."). Es decir, múltiples técnicas ante ese ataque. Algunos días terminamos con Jiu waza o técnica libre.
5-Maestros "reconocidos como buenos" (ya sé que para gustos colores pero...) en Madrid Capital y si puede ser con sus gimnasios.
Yo no soy de Madrid, por lo que solo conozco a los dos que se dan como referencia del Aikido capitalino: Yasunari Kitaura, delegado de Aikikai en España, y Tomás Sanchez, director de la AETAIKI.
6 El doloroso tema de las caídas, cuan habituales son?, me explico, si no hay combate y estás toda la sesión practicando una técnica concreta estás todo el día volando? es decir son más habituales que en una sesión de judo?. Yo he practicado judo durante muchos años, pero la espalda ya no está para muchos trostes, así que no le puedo exigir demasiado
No pueden ser más habituales. Y según con quien practiques, son muy enérgicas. Como todo, cuanto más sabes, más fluidas son y menos agresivas resultan para el cuerpo. De pricipiante puedes pasar sin caer porque te aplicarán las técnicas ofreciendote una salida sencilla. Pero según vayas avanzando en la práctica, vas a tener que dominar los ukemis más variados para adaptarte a la técnica que te aplican. Y algún que otro espaldarazo te puedes llevar. De todos modos, si tienes problemas de espalda, basta con comentarlo en clase y que tori actue en consecuencia. Puedes reducir las caidas a cero sin que por eso pierda la práctica.
Au
Joaquin